Xưa, tên chùa là Thánh Kinh, sau đổi tên là Long Sơn, có khi dùng tên Long Sơn Vạn Phú để phân biệt với chùa Long Sơn Nha Trang. Chùa tọa lạc trên ngọn núi Một, có diện tích khoảng 7.000m2, thuộc địa phận thôn Phú Cang 1, xã Vạn Phú, huyện Vạn Ninh. Năm 1902, đời vua Thành Thái năm thứ 13, Hoà thượng Thích Như Đạt, tự là Giải Nghĩa, hiệu Hoằng Thâm đã cùng các vị chức sắc trong làng tổng góp công của dựng lại chùa, sau khi xây dựng xong, dân làng giao cho Hòa thượng Hoằng Thâm trụ trì. Chùa là di tích lưu niệm Bồ tát Thích Quảng Đức khi ngài nhập đạo, thế phát quy y với Hòa thượng Thích Hoằng Thâm từ năm 1903, tu học cho đến khi làm Trị sự chùa Long Sơn năm 1921, rồi vào Nam hành đạo và vị pháp thiêu thân năm 1963 tại Sài Gòn. Hòa thượng Hoằng Thâm-Như Đạt, thuộc Thiền phái Lâm Tế Chúc Thánh, chính là cậu ruột của Bồ tát Thích Quảng Đức, đã nhận cháu ruột làm con theo hình thức "cha mẹ ký bán, gửi con cho cửa Phật vì khó nuôi", thay họ N