Lúc mới lập tự, chùa đã được an danh là Vạn Thạnh Ni Tự, để khẳng định với đại chúng đây là ngôi chùa Sư Nữ, chùa Ni đầu tiên xuất hiện trên thị xã Nha Trang, vì vậy thời bấy giờ mọi người chỉ cần gọi “Chùa Sư Nữ” là biết đó là Vạn Thạnh Ni Tự. Sau này, khi trên địa bàn thành phố Nha Trang đã lần lượt xuất hiện những ngôi Ni Tự khác (như Ni Viện Diệu Quang, Linh Sơn ở Chụt, An Tường, Hải Ấn – Chùa Hang, Kim Quang…) thì chùa mới thường được gọi là chùa Vạn Thạnh. Chùa toạ lạc tại số 75 đường Nguyễn Thái Học, phường Vạn Thạnh, thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hoà.