Chùa tọa lạc trên một ngọn núi thấp hồi xưa được gọi là Núi Gành, thuộc thôn Ngọc Hội, xã Vĩnh Ngọc, cách trung tâm thành phố Nha Trang khoảng 3km về phía Tây Bắc. Vào thế kỷ thứ XVII, Hòa thượng Thiệt Địa, hiệu Pháp Ấn, đã về đây kiến tạo một ngôi chùa đặt tên “Kim Sơn” trên linh địa nghe tương truyền thuở xưa đã từng có một thiền tự hiện hữu rồi hoang phế điêu tàn… Vào năm Canh Thân (1740), chúa Võ Vương Nguyễn Phúc Khoát đổi tên chùa và ban biển hiệu sơn son thếp vàng, khắc bốn đại tự “Sắc Tứ Quy Tông”, và 8 chữ lạc khoản “Quốc Chủ Từ Tế Đạo Nhân Ngự Đề”, cùng 4 chữ triện “Nghiệp Quảng Duy Cần”. Vào năm Thiệu Trị thứ V (1845), vua lại sắc tứ cho lấy lại tên cũ nên chùa được gọi là “Sắc Tứ Kim Sơn”.