Giáo hội hình thành trong cuộc đấu tranh đòi bình đẳng tôn giáo năm 1963 dưới thời Đệ nhất Cộng hòa ở miền Nam Việt Nam. Vì chính sách nhiều người cho là ưu đãi Công giáo của chính phủ Ngô Đình Diệm, Phật tử miền Nam Việt Nam đã xuống đường đông đảo ủng hộ Phật giáo ở Huế, Đà Nẵng và Sài Gòn. Sự kiện Phật Đản năm 1963 khi Phật tử ở Huế khai trương cờ Phật giáo ngày 8 tháng 5 bất chấp lệnh cấm treo cờ là ngòi thuốc nổ cho một chuỗi xung đột liên tục giữa chính quyền và các hội đoàn Phật giáo. Nhiều vụ vây chùa và bắt bớ tăng ni xảy ra trong cơn "Pháp nạn". Đến ngày 11 tháng 6 thì Hòa thượng Thích Quảng Đức tự thiêu tại Sài Gòn để phản đối chính sách bất bình đẳng của chính phủ. Sự kiện này gây chấn động khắp trong và ngoài nước khiến chính phủ Ngô Đình Diệm bị mất tín nhiệm. Năm tháng sau phe quân nhân đảo chính. Tổng thống Ngô Đình Diệm bị giết.